王自健的第一任妻子是黄雅静,两人于2004年结婚。2007年1月5日晚上9点多,在《今晚80后脱口秀》节目录制现场,王自健突然宣布与相恋八年的女友黄雅静分手。
王自健的第二任妻子是黄雅静的闺蜜,也就是他的同事赵丹,两人于2011年4月登记结婚。2014年6月25日,王自健和老婆赵丹在北京举行了婚礼。2022年12月24日,王自健微博晒出一张照片,并配文:“两个小公主”。2022年2月14日,王自健和老婆赵丹在微博宣布怀孕。2022年3月7日,王自健和老婆赵丹的儿子出生。